Existen muchos protocolos relativos a la certificación de productos agroalimentarios. En ámbitos más particulares cada organización puede desarrollar el suyo propio y exigirlo como premisa de la relación comercial.

Las normas del entorno ISO (dentro de nuestro sector tienen alguna relevancia la 9000, 14000 y 22000) fueron las pioneras respecto a la calidad. En la actualidad, estas normas han perdido vigencia a favor de aquellas que son parte de la exigencia de los clientes.

Producción ecológica, integrada, etc, son otras de las muchas normas de certificación existentes. Comparten orígenes parecidos en el sentido que cada Comunidad Autónoma tiene su norma, su sistema de certificación y su logotipo.

La certificación ecológica tiene su espacio reservado y es requerida en mercados internacionales de agricultura ecológica.

La certificación ecológica tiene la ventaja, frente a la producción integrada, que está regulada por el Reglamento (CE) nº 889/2008, lo que aporta una base normativa homogenea en Europa.  

En función de los mercados de destino, la certificación ecológica puede combinarse con certificación BioSuisse u otras.